現行の寄附金税制は、所得控除と税額控除の二つの方法が選択できるようになっており、控除額の拡大も行われたことから、納税者にとって魅力的な制度であると評価されている。しかしながら、その利用実態を見ると、制度が十分に活用されているとは言い難い状況にある。国税庁のデータによれば、寄附金控除の利用者は増加しているものの、その多くはふるさと納税の利用拡大に起因するものであり、本来の寄附金税制の利用は伸び悩んでいると推計される。
寄附金控除の適用を阻害する要因としては、制度自体の複雑さや手続きの煩雑さが挙げられる。特に、給与所得者の多くは年末調整で課税関係が完結するため、寄附金控除の適用を受けるために不慣れな確定申告を行うことへの心理的・実務的負担が大きいことが指摘されている。日本ファンドレイジング協会の調査では、2,000円以上の金銭寄附を行った者の半数以上が確定申告を行っておらず、その理由として「申告するのが面倒だったから」という回答が一定数存在することが判明している。
手続きの簡素化が利用促進に繋がる効果は、ふるさと納税のワンストップ特例制度の導入実績からも明らかである。この制度により、確定申告が不要となったことで利用者が大幅に増加した経緯がある。政府が目指す「新しい公共」の概念において、草の根的寄附の促進が重視されるのであれば、控除額の拡大といった制度自体の魅力を高める方向性よりも、手続きを簡便化し、使い勝手の良い制度にする方向性がより合致すると考えられる。
寄附金控除の年末調整への組み入れは、過去にも検討された経緯があるが、源泉徴収義務者の事務負担増大、不正行為防止の必要性、寄附者のプライバシーに関する懸念といった課題から見送られてきた。しかし、近年、行政のデジタル化が進展し、ICT技術の活用により年末調整手続きの電子化が進められている。これにより、控除証明書等の電子データ提出が可能となり、源泉徴収義務者の事務負担を大幅に軽減できる可能性が示唆されている。